A kolozsvári bíróság 2009. október 2-án keltezett végzésével jogi személlyé nyilvánította az EMFT-t. Ennek nyomán elkezdődött és kibontakozott a szakosztályok tevékenysége.

Jelenleg hat szakosztály/munkacsoport működik:

1. Az erdélyi magyar filozófiai hagyaték kiadására alakult szakosztály;

2. Fenomenológiai szakosztály;

3. Gyermekfilozófiai szakosztály;

4. Hermeneutikai szakosztály;

5. Perszonálfilozófiai és mentálhigiénés szakosztály;

6. Politika-filozófiai szakosztály.