A kolozsvári bíróság 2009. október 2-án keltezett végzésével jogi személlyé nyilvánította az EMFT-t. Ennek nyomán elkezdődött és kibontakozott a szakosztályok tevékenysége.
Jelenleg hat szakosztály/munkacsoport működik:
1. Az erdélyi magyar filozófiai hagyaték kiadására alakult szakosztály;
2. Fenomenológiai szakosztály;
3. Gyermekfilozófiai szakosztály;
4. Hermeneutikai szakosztály;
5. Perszonálfilozófiai és mentálhigiénés szakosztály;
6. Politika-filozófiai szakosztály.